合併法人の株式以外の資産を合併対価とするようなときには非適格合併となります。このとき資産の移転は原則、時価で譲渡されたものとして譲渡損益が計上され、所得額の計算上益金または損金額に算入されます（法法62）。しかし、グループ会社内においての非適格合併による譲渡損益調整資産の移転については、譲渡損益は繰延べの対象となります（法法61の13(1)）。
また、被合併法人が非適格合併による譲渡損益調整資産の移転について譲渡損益の繰延制度の適用を受けたときは、譲渡損益調整資産にかかる譲渡利益額に該当する金額は、合併法人の譲渡損益調整資産の取得価額に算入しません（譲渡損益調整資産にかかる譲渡損失額に該当する金額は合併法人の譲渡損益調整資産の取得価額に算入します）。
よって、グループ内の非適格合併において、譲渡損益調整資産については被合併法人で譲渡損益を計上しないで、帳簿価額で移転します。